Im Oktober 2005 begann der Bau des Bunker Mooseum, einem Projekt im Wert von 1,8 Millionen Euro, das von der Region, dem Land, dem Amt für Naturparke und der Gemeinde Moos in Passeier gemeinsam finanziert wurde. Der Entwurf stammt von Architekt Baldini Stefan aus Meran. Die Ausstellungen wurden unter der Leitung von Dr. Haller Harald zusammen mit den Experten Dr. Hanns Oberrauch, Dr. Leo Unterholzner, Dr. Stefan Holdermann und Dr. Haller Johannes entwickelt. Dr. Haller Johannes leitete das Museum bis 2016, und es wurde am 7. April 2010 in Anwesenheit des damaligen Landeshauptmannes Dr. Luis Durnwalder feierlich eröffnet.

Beim Bau des Bunker Mooseum wurde 2008 eine kleine Gletschermühle entdeckt und von einem archäologischen Grabungsteam untersucht. Die Gletschermühle, die mit Erdreich gefüllt war, enthielt in den oberen Schichten neuzeitliche Funde. Am Boden der ausgeschliffenen Felsmulde konnte eine Feuerstelle nachgewiesen werden, die mangels anderer Funde mittels der C14-Methode datiert wurde. Die Datierung ergab ein Alter von 4470-4320 v. Chr., was auf die Jungsteinzeit des 5. Jahrtausends v. Chr. hinweist. Zudem wurden Keramikscherben und Mauerreste neolithischen Ursprungs freigelegt.

Am 15. Juni 2009 zogen vier Steinwildtiere aus dem Alpenzoo in Innsbruck in das Gehege am Bunker Mooseum ein. Die Tiere gehören der Gemeinde Moos. Der Zoologe Dirk Ullrich vom Innsbrucker Alpenzoo betreut die Tiere weiterhin, während die Fütterung und Betreuung vor Ort von Rudolf Pichler übernommen wird.

Ab April 2011 wurde das Bunker Mooseum um eine singende und fliegende Attraktion erweitert: Im begehbaren Steinbockgehege entlang des Rundweges im Außenbereich des Museums wurde eine große Voliere errichtet, die von fünf Singvogelpaaren bewohnt wird. Diese Vögel wurden nicht eingefangen, sondern in Moos gezüchtet. Es handelt sich um beringte Zuchttiere der Arten Dompfaff, Stieglitz, Kreuzschnabel, Erlenzeisig und Birkenzeisig.

Am 24. August 2011 wurde das weltweit einzigartige Erlebnisstraßenprojekt eröffnet, das von den Ländern Südtirol und Tirol, der Timmelsjoch Hochalpenstraßen AG und der Gemeinde Moos in Passeier gemeinsam umgesetzt wurde. Auf der Nord-Süd-Verbindungsstraße wurden fünf Stationen errichtet, die zusammen die „Timmelsjoch Erfahrung“ bilden. Im Jahr 2019 wurde dieses Projekt mit der Eröffnung der musealen Timmel_Transit Station vervollständigt.